途中入社の従業員も在籍していた従業員と同様に、前職の収入による過納額がある場合は年末調整をした会社で還付する必要があります。
還付金は年末調整を行った月分の源泉徴収税額と相殺します。そのため、前職が徴収した税金であっても年末調整した会社の負担にはなりません。
なお、年末調整を行った月分の徴収税額だけで還付しきれないときは、翌月以降の源泉徴収税額と相殺することになります。
過納税額還付の詳細は、国税庁の「タックスアンサー」をご覧いただくか、最寄りの税務署、士業専門家などにお問い合わせください。