お互いに売掛金・未払金の金額を把握・確認してから相殺するようにします。当事者間で相殺の事実がわかるように領収書を発行しておき、保存します。
継続的な取引を行っているなど、連続して請求書を発行している場合には、翌月の入金の際に請求書上で相殺による入金処理をした旨を記載しておくとよいでしょう。単発の取引では、お互いに相殺領収書を作成しましょう。
また、摘要上に「上記金額は売掛金(未払金)○○円と相殺しました」と記載するとよいでしょう。
なお、全額相殺処理した場合は、相殺処理したことを明記すれば領収書に貼付する必要はありません。一部の金額だけ相殺した場合など、現金(振込)での入金額で記載する場合には、相殺後の実際に入金した金額で判断します。