令和7年(2025年)11月より、給与所得者に支給する通勤手当の非課税限度額が引き上げられました。
この改正は、令和7年4月1日以後に支払われるべき通勤手当に対してさかのぼって適用することとされています。
【国税庁】通勤手当の非課税限度額の改正について
弥生給与では、給与データから従業員ごとに非課税となる通勤費の差額を計算し、計算結果をExcelファイルに出力する補助ツール(非課税通勤手当の計算補助ツール)を提供しています。
以下の従業員は計算補助ツールで差額を正しく計算することができません。手計算してください。
- 交通機関と交通用具の両方の通勤手当を支給している従業員
- 令和7年3月31日以前の通勤手当を令和7年4月以降に支払った従業員
- [交通用具を使用する距離]で片道55km以上の距離を選択している従業員
非課税となる通勤手当を調整する手順の流れは次のとおりです。
1.賃金台帳からExcelファイルを書き出す
例として、[賃金台帳]を選択した場合の手順を記載します。[賃金台帳]以外の集計表でも問題ありません。- [集計]メニューから[賃金台帳]をクリックします。[賃金台帳]画面が表示されます。
- [表ナビ]をクリックします。集計表レイアウト設定ウィザードが表示されます。
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[次へ]をクリックします。
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集計表の名称を入力して、[次へ]をクリックします。
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[レイアウト]の▼をクリックして「明細項目別の集計表(行:従業員、列:支給単位)」を選択し、[次へ]をクリックします。
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[次へ]をクリックします。そのまま何も設定する必要はありません。
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[次へ]をクリックします。そのまま何も設定する必要はありません。
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[選択]を選択し、令和7年4月度給与以降をすべて選択して、[次へ]をクリックします。このとき、賞与は選択しないでください。
賞与を選択すると正しく差額を計算することができません。
賞与で支給した通勤費を含めて差額を計算したい場合は手計算してください。 -
[次へ]をクリックします。そのまま何も設定する必要はありません。
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[明細項目ごとに選択]を選択し、「非課税通勤費」「課税通勤費」「現物非税通勤」「現物課税通勤」の4項目をドラッグして選択して[次へ]をクリックします。
- [完了]をクリックします。[賃金台帳]が表示されます。
- [賃金台帳]画面で[集計]をクリックします。
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[Excel]をクリックし、「集計結果を書き出すシート」で「非課税通勤費」「課税通勤費」「現物非税通勤」「現物課税通勤」をドラッグして選択し、[4件選択]と表示されることを確認します。
- [新規のExcelファイルに書き出す]を選択して、[OK]をクリックします。
- 作成されたExcelファイルに名前を付けて保存します。
3.差額を入力するまで完了したら、必要に応じて[賃金台帳]のレイアウト設定を元に戻します。
集計表のレイアウトのカスタマイズ<弥生給与のみ>
2.差額を計算する
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非課税通勤手当の計算補助ツールをダウンロードします。
- ダウンロードしたZIPファイルを右クリックし、[すべて展開]を選択します。
- 展開先のフォルダーを指定して[展開]をクリックします。
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手順3で指定したフォルダーを開き、「YPR26K000001.exe」をダブルクリックして起動します。
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[参照]をクリックし、賃金台帳から書き出したExcelファイルを選択します。
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[参照]をクリックし、計算結果の保存先を指定します。
- [非課税となる通勤手当の差額を計算しファイルに保存する]をクリックします。
- 「計算とファイルへの保存が完了しました。」と表示されるので[OK]をクリックします。手順5で指定した場所に、差額を計算したExcelファイルが保存されます。
3.差額を入力する
- 年末調整ナビの[4. 年税額を算出しよう]をクリックして[年調明細個人別]をクリックします。
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従業員を選択し、[通勤手当調整]をクリックします。
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[非課税となる通勤手当の差額]にExcelファイルの[非課税となる通勤手当の差額(合計)]に表示された金額を入力します。
[非課税となる通勤手当の差額(合計)]について
差額がない場合や、3月までの通勤費を4月以降に支給しているなど正しく計算できない場合、Excelファイルの[非課税となる通勤手当の差額(合計)]は「0」と表示されます。
必要に応じて、手計算した金額を入力してください。 - [OK]をクリックします。入力された金額を基に、[課税支給額]と[非課税支給額]が自動計算されます。
入力した差額を確認したい場合
[年調明細個人別]-[通勤手当調整]をクリックし、金額を確認します。確認後は[×]または[キャンセル]をクリックして画面を閉じます。
金額が重複して計上されるため、[OK]はクリックしないでください。
入力した差額を修正したい場合
必ず年税額の再算出を行ってから差額を入れ直してください。
年税額の算出をやり直す方法
差額を入力して[OK]をクリックする操作を続けて行うと、金額が重複して計上されますのでご注意ください。