この現象は、[相手勘定科目][相手補助科目]欄に、預金出納帳の[勘定科目][補助科目]と同じ科目が選択されているためです。[相手勘定科目][相手補助科目]を確認して、正しく選択し直してください。
以下の画面は、預金出納帳(「普通預金/弥生銀行」)で、相手勘定科目(「普通預金」)と相手補助科目(「弥生銀行」)にも同じ勘定科目と補助科目が選択されているため、[預入金額]欄に「100,000」と入力すると、[引出金額]欄にも「100,000」と表示されています。
[相手勘定科目][相手補助科目]欄を正しく選択し直すことで、[預入金額]欄または[引出金額]欄のどちらかに正しく表示されます。