弥生給与での給与計算の流れは次のとおりです。
給与処理設定
必要に応じて行う作業
従業員、事業所情報、給与規定の変更（必要に応じて行う作業）
当月度の給与計算から、入社や退職などによる従業員情報の変更や、事業所の振込元口座や給与規定の変更があるかを確認し、必要に応じて変更します。
従業員の登録（従業員の採用） 昇給した従業員の支給単価の変更 事業所情報の確認と設定 給与規定の設定＜『弥生給与』のみ＞勤怠の集計（タイムカードの集計）
タイムカードや出勤簿などを基に、従業員別に当月分の勤怠を集計します。『弥生給与』のタイムカード機能を使用すれば、従業員別に勤怠を集計し、集計結果を給与明細書へ転記することができます。『弥生給与』のタイムカード機能を使用しない場合は、当月分の勤怠を集計しておきます。
また、他のソフトウェアで作成したタイムカードデータのテキストファイルを用意すれば、インポート機能を使用してタイムカードデータを読み込むこともできます。
給与明細の入力
当月分の給与の明細を入力します。
他のソフトウェアで作成した明細データのテキストファイルを用意すれば、インポート機能を使用して明細データを読み込むこともできます（『弥生給与』のみ）。
資料の作成
振込依頼書や、住民税納付用資料、社会保険料集計表（『弥生給与』のみ）など、給与に関する資料を作成します。弥生会計で読み込むための仕訳データを書き出すこともできます。
給与に関する資料 仕訳データの作成（弥生会計との連動）